Центральный аппарат министерства
Руководство
Лечебно-профилактический департамент
Департамент медико-социальной экспертизы
Департамент новых технологий и реформ
Департамент капитального строительства и инвестиций
Департамент цифровых систем и информационной безопасности
Департамент образования, науки и кадров
Департамент лицензирования
Департамент медицинской статистики и информации
Департамент финансовой деятельности, бухгалтерского учёта и отчётности
Хозяйственный департамент